A qualidade da água nos rios Ipitanga e Joanes é considerada boa no trecho anterior a Lauro de Freitas. Só depois das represas – onde a Embasa capta água para consumo humano – é que os cursos d’água passam a ser poluídos. É o que mostra a medição periódica do Instituto do Meio Ambiente e Recursos Hídricos (Inema) há dez anos. O trecho do Joanes a jusante da barragem, que tem a qualidade da água comprometida, não contribui para o abastecimento.
Dos cinco pontos do Joanes periodicamente monitorados pelo Inema desde 2008, três apresentam, historicamente, quase sempre boa qualidade da água: em São Sebastião do Passé (JOA 050 e JOA 200) e em Simões Filho (JOA 400) – medido já depois da afluência do rio Camaçari.
Já no ponto de monitoramento após a represa Joanes 1 (JOA 600), no Jambeiro, a qualidade oscilava entre regular, boa e ruim até 2012 – quando as comportas foram fechadas. A partir daí, seis de sete medições apontaram boa qualidade da água remanescente, mas apenas até 2016. A poluição do Joanes, longe de ser um problema da região metropolitana, ocorre apenas em Lauro de Freitas. Mas é no ponto JOA 900, sob a ponte da Estrada do Coco, que o Joanes sempre apresentou qualidade ruim da água. Ali o Joanes já recebe a poluição do rio Ipitanga, que é limpo nas barragens (IPT 500), mas sujo em Lauro de Freitas.
No ponto IPT 600, que fica sob a ponte do Km 3,5 da Estrada do Coco, onde está sendo construído um shopping center, 80% das medições dos últimos dez anos registram qualidade ruim ou péssima da água. Com o fechamento das comportas na barragem Joanes 1, é esse o único fluxo que o Joanes recebe depois do ponto JOA 600 até desaguar na praia de Buraquinho.
